杀害同门乃是大罪，丘处机想到自己教出的两个徒弟一个比一个差，而逍遥谷的几个弟子却声名鹊起，他就心情抑郁，气血翻涌，之前吐血受的内伤又严重了！他当着全真教所有弟子的面命甄志丙自废武功，从此逐出师门，与全真教再无关系。

在杨过与小龙女大婚这一日，甄志丙杀了人，被废武功，逐出师门，成了芸芸众生之中的一个，不再有半点特殊。然而他也曾经走南闯北，有行侠仗义的时候，自然也有伤及无辜的时候，当他成了普通人，没了全真教的庇护，曾经和他有仇之人便毫不犹豫的出手，甄志丙后来果然如赵志敬所诅咒的那样，生不如死。

恶人自有恶人磨，原剧中的甄志丙强暴了小龙女，还故意将此事告诉了赵志敬，便是隐含得意的炫耀，后来才会被赵志敬将此事传出去，两人都恶心得很。如今苏雪云早早的将门派迁离终南山，杨过和小龙女同他们根本没什么往来，他们居然也能互相折磨致死。也许这就是小人必然的结局，不管过程如何，性格已经决定了他们的结局。

丘处机经过此事真是内腑俱伤，他接受不了全真教后继无人的事实，更接受不了杨康和甄志丙都是他教出来的，他想不通，钻了牛角尖，只一年就一病不起，草草制定了下一任掌教就撒手人寰，新任掌教难以服众导致全真教内斗严重，至此全真教是彻底没落了。

杨过和小龙女成亲之后便开始全心全意的和蒙古军作战，他们都跟苏雪云学过最好的兵法，在战场上的表现令许多担心的人都死心塌地的追随他们。陆冠英为他提供了源源不断的粮草，即使朝廷派送的慢了，军中也不会让将士挨饿，绝不会延缓军情。

大武小武在实战中能力提升得飞快，已经成为杨过的左右手，还精明的抓住了一个奸细，此人名为耶律齐，经他们调查，发现耶律齐乃是蒙古耶律楚才的后人，耶律楚才是铁木真的谋士，在铁木真垂危之际却私下里劝拖雷放弃汗位。听了他一番分析，拖雷认为他言之有理，便爽快的当众推举了窝阔台。

谁知窝阔台对他手中的兵权十分忌惮，故意装作生病，而耶律楚才便暗示拖雷，这是窝阔台担忧成疾。耶律楚才口才了得，高帽子一顶一顶的戴上去，拖雷最终为了蒙古的和平，也为了保护自己的子嗣，默认让窝阔台害死了他。

如今拖雷的儿子当上大汗自然要处置耶律楚才一系，如今耶律家也只剩下耶律齐一人了。他辗转来到中原，大汗蒙哥虽容不下他，但他却和蒙哥的弟弟忽必烈有来往，忽必烈应承他，只要他在中原做奸细同蒙古军里应外合瓦解中原的军队，将来就给耶律家平反！

原剧中和蒙古军对战的是郭靖一家，耶律齐才借着郭芙接近了郭家，而如今和蒙古军对战的是杨过，耶律齐自然是想办法接近他们，谁知大武小武从小跟着娘吃苦，察言观色的本事一流，又养成了谨慎的性子，突然冒出这么个姓耶律的朋友自然不敢掉以轻心，这般仔细探查下去，才查出耶律齐的真实身份，立即将他抓住交给了杨过处置。

耶律齐和他带来的人被挂在墙头上，开战前夕给了蒙古军一个下马威，己方军队却士气大振，攻打敌军有如神助。这一打就打了十年，宋朝的军队渐渐强盛，蒙古军却越来越势弱，将士们都被中原侠士刺杀了不少，十年的时间，杨过终于将蒙古军彻底的打退了！

蒙古的大汗依然是蒙哥，杨过认为忽必烈比蒙哥更适合战争，所以他故意命人不许杀害蒙哥，借此压制忽必烈，让忽必烈的才干得不到施展。蒙古为了汗位一向斗得厉害，忽必烈的提议常常被驳回自然不爽，终于和蒙哥争起了汗位，蒙哥也对他心怀芥蒂，内乱起来就被杨过钻了空子，大大削弱了蒙古军的势力。

宋朝大获全胜，杨过功成身退，带着自己人挂帅离去，将朝堂之事完全交还给皇帝。江湖人江湖气，始终是不喜欢官场的。如今国泰民安，没有外族忧患，江湖又热闹了起来。

杨过和小龙女成双成对，始终没有分开过，在战场上双剑合璧所向披靡，配合的天衣无缝，世间再无旁人能有他们这般的默契。十年间，两人的一双儿女也开始习武，跟在他们身边蹦蹦跳跳的十分活泼，还有一只巨雕保护着两个小娃娃，一家人无论出现在哪里，都能让人感觉到他们的幸福。世人再没有议论杨过和小龙女辈分不同之事，所有人都对他们青梅竹马共同御敌的故事津津乐道，两人离开朝廷仗剑江湖，人称神雕侠侣，已然成为江湖上一段代代相传的传说。