全收藏之后的真结局是雪见和妹妹都活着，景天了解了当年的真相，将毕生神力注入镇妖剑中，封锁了新神魔通道，不让神魔大摇大摆的进入人间界。从此人间界仍旧是人类自己做主。而景天的神体破碎，别说这一世，就算投胎转世，也只能当一个忍受轮回之苦的凡人，别说回归神界，连修仙都不可能了。

然而景天十分知足，他说他本来就是个凡人，现在拯救了世界，攒够了金钱，该回去开当铺了。至于投胎转世，喝了那一碗孟婆汤，下辈子与他何关？

唐雪见的真实身份是神树精灵夕瑶利用神树果实，注入自己一丝神念，偷偷下凡的“造物”。景天和雪见在神界见到夕瑶之后，得知了飞蓬的事，也得知了夕瑶的感情。但夕瑶并不知道自己这种感情是什么，只是想再次见到飞蓬。但看到景天的时候，她知道，如果景天不“消失”，飞蓬是不会回来了。

心灰意冷的夕瑶主动帮景天和雪见阻挡天兵天将，被打散了形体和意识，只留下了神灵的“种子”，植入唐雪见“心中”。如果景天选择了回到神界，变回飞蓬，那么唐雪见可以陪伴景天回到神界，成为新的神树精灵。

最终雪见当然和景天一样，选择了当一辈子凡人。她重建了唐家堡后，留下武功秘籍和钱财、暗器配方等等给唐家真正的后人，她去了永安当当老板娘。虽然暗地里她也会护着唐家堡，但现在她的家是永安当。

剑灵妹妹本来是可以修成剑灵体，以后可以以魔剑为依托成仙。不过哥哥嫂子都当凡人，妹妹表示陪哥哥和嫂子一辈子，然后也跟着投胎转世。

她寂寞了这么多年，甚至衍生出了两个人格，她觉得她“活”够了。她这辈子延续着生前戛然而止的幸福生活，然后像一个普通人一样，无牵无挂的走向下一世。

三个主角都选择了成为凡人。他们将所有力量和垂手可得的长生不老全部抛弃，毁掉了神魔两界某些想要重新染指人间界的存在几千年的布置。

从结局上来说，这个“真”结局仿佛也是个悲剧。他们本来可以长生不老，却只能活个几十年了，甚至连下一世都不能续缘，怎么看都是悲剧了。但玩家们看着结局动画，却说不出这是悲剧。

景天、雪见和龙葵的表情是那么幸福快乐，让玩家们看着，都觉得心里暖呼呼的。

唯一算是悲剧的应该是紫萱和徐长卿这一对。紫萱的选择和景天他们是相反的。景天和雪见只求今生，放弃来世，放弃了长久的陪伴。但紫萱却想和徐长卿永远在一起——她想和徐长卿一起长生不老。

紫萱作为女娲族族人，在新的女娲族继承人出现之后，灵力会被新的继承人吸走，她的寿命就只剩下十年。于是她封印了自己的亲生女儿，设计让第三世的恋人修仙，以奢求这一次不再因为时间而和恋人分离。

紫萱的“恋爱脑”却没有惹玩家们讨厌。因为至始至终，她的爱都没有伤害其他人——好吧，勉强算是伤害了她的女儿林青儿，让她的女儿自出生之后一直被封印沉睡。但当紫萱和徐长卿一起“飞升”之后，林青儿也再也不用担心会为女娲族的宿命而丢了性命。因为女娲族又有人成为“神灵”了，既然成为了神灵，那么使用“神灵”的力量不会死亡。女娲族的宿命也就被打破了。

不过最终紫萱目的达成之前天地就已经大乱，她选择了守护大地，将内丹给了徐长卿，让徐长卿独自成仙。这下轮到徐长卿用漫长的生命思念紫萱了。

之后徐长卿的故事如何，就由玩家们自己猜测了。毕竟以红狗上下都继承自萧枸的恶趣味作风来看，制作组是不会将这一切挑明的。

玩家通关仙剑二之后，没有像仙剑一那样哭得一塌糊涂，但心里总是有淡淡的惆怅挥之不去。

游戏制作组没有强行煽情，只是给了两对恋人对恋情不同的处理方式作为对照组，阐述了不同的恋爱观。不过无论哪种恋爱观，该“大义”的时候，大家都没含糊。

就算是紫萱，为了和恋人一起长生不老谋划了那么久，该放弃的时候就果断放弃。她若不说自己有办法封印邪剑仙，谁会知道？谁会逼她？这不过是她自己的选择。

仙剑二这个游戏，仍旧有着宿命论。但是无论生与死，都是角色自己的选择，和宿命无关，只和本性有关。

这也难怪玩家们纷纷惆怅了。

除了惆怅之外，这个剧情引起的撕逼也不少。这个社会对女性的“道德”要求很苛刻，紫萱在对徐长卿的爱情中夹杂的“心机”成分，让许多人感觉很不适应。