孙的学识，卓越超群，这在中国的特殊情况下，变成他的负数(liability)。蒋在一九四0年前，不让孙入野战军，带兵作战，多半基于现实形势的考虑。这一点，我们要承认，蒋作为最高领袖，权衡人事的综合平衡，有其过人之处。

据一位跟过孙多年的老部下说：“孙是个非常优秀的带兵官，但是位很坏的领袖。”[14]讲人际关系，和他的同辈，几乎没有人可以和得来。任陆军总司令期间，每周军事汇报，从来未准时出席，其理由非常可笑：“他不愿意向周至柔总长敬礼，迟到能避免，因为，总统已在场。”[15]

孙之傲慢，固有其理由，主要看不起他的一些同僚，认为他自己鹤立鸡群。也可能当时的情势，特别美国恢复军事援华后，制造他“非我莫属”的优越感。诚然，孙有学识，也有战功，是蒋的爱将，美军的宠儿，但孙是台湾整体里的个体，不能与人和衷共处，就会孤立无援，且遭致群体的打击。《孙立人在台兵变经过》一文，有如下生动的描述：

“当陈诚任行政院长、周至柔任参谋总长、王叔铭任空军总司令、桂永清任海军总司令时，屡当蒋介石召开会议时，陆军总司令提出的问题或意见，总是遭到了三票对一票的否决，有时弄得蒋介石亦左右为难。例如空军与海军提出，在防卫台湾及反攻大陆的战争中，空军海军如何重要，如何优先，须获得优先装备，反正是一切优先。又如空军提出，空军官兵的待遇要超出陆军两级，飞行员待遇，要超出陆军十倍，空军官兵要新式美观服装。海军提出，海军是国际兵种，须按国际标准待遇，一般官兵要超陆军一级，另有航海津贴，要有海军自己的舞厅、歌厅等。以上诸不平等待遇，二十年后的今天，仍是外甥提灯笼（照旧）。可怜的陆军，四面是海，可怜的总司令，孤掌难鸣，陆军提出的许多问题，都遭到空海军的联合杯葛、阻碍。有时老孙气急了，就在会议上向老蒋报告说海军、空军如何好，如何、如何行，那末请总统将陆海空三军测验一下，比一比，看究竟哪一军好。先从我们三军总司令考起，比文也好、比武也好、比立正稍息也好、比x+Y也好，由你们海空军决定好了。象这样情形，最后还是由老蒋打圆场，至于老孙在老蒋面前请求批准进军校再受训一词，更是家常便饭。由此可见老孙与陈诚、周至柔、王叔铭、桂永清等高级将领间之矛质多深。”[16]

已四面楚歌，腹背受敌，他却犯着更致命的错误，和小蒋为敌，以陆军总司令的地位，抵制经国的政工制度。

一九五0年十二月，孙立人召开的“新年第一次年终扩大良心会”，“让许多高级长官来听取士兵们的良心话。”孙致词说：“现在社会黑暗，人心不古，不但做事骗人，说话也骗人，所以社会动荡不安，就是彼此不能开诚相见，埋没了良心之故。”[17]

“良心会”的用意，也许不坏，但经国觉得，孙立人捞过界，这本来是该政治部发动的事。经国反击，推行“庆生会”，孙、蒋较量的火药味，乃全面扩散。

美军顾问团长蔡斯，他是带了支票签字权的美国大亨，负责台湾的军援执行，颐指气使，法力无边。早为蒋先生和经国所不满，孙、蔡不谋而合，蔡斯也主张撤消军中政工制度。经国疑神疑鬼，迁怒到孙的头上，认为孙假外人以自重。

蒋先生乃于孙的陆军总司令任期届满，连任一次后（一九五四年六月），调桂永清为参谋总长，孙为总统府参军长，再度打入冷宫。蒋做这样的决定，客观的原因是“狡兔死，走狗烹”，以孙做门面的作用消失；主观的情势，孙犯众怒，易导致内部的不和，且优虑孙为美国所利用，怕祸起萧墙。

孙的想法是“对于钧座尽忠效力，不惜贡献其生命以及一切，冀报万一”，[18]唯才不得展，志不得伸，参谋总长一职，居然，没有他的份，由黄埔系的桂永清，垂手而得，难免气愤填膺，险走极端。

孙是职业军人，“为了自己能独当一面，获得领导权，铲除那些贪污无能的官僚”诉诸枪杆子，原无足为奇。

《时代周刊》的一篇文章，言简意赅，发人深省。

“五十五岁的孙立人，能干、勇敢，是最西方式的事军领袖。台湾很多政界人士，深为不解，孙将军何以能屹立那么久？孙坚信，在现有的领导下，台湾无法幸存，私下谈及大陆之失，纯由于蒋氏坚持，政府私人化，反共大业和他自己相连在一起……。主张面对现实，放弃反攻希望。”[19]